Né en 1940 dans la localité tchèque de Dvojhradi, Frantisek Emmert a été sélectionné dès ses quatorze ans comme étudiant à l'école pédagogique spéciale des hautes études musicales de Prague. Dès 1956, il étudie le piano au Conservatoire de cette ville avec Lev Esch. En 1961 il s'établit à Brno afin de poursuivre ses études de composition à l'Académie de Musique Janacek, dans la classe de Jan Kapr (1914-1988). De 1967 à 1970, il réalise sa maîtrise en Art sous la direction du compositeur Miloslav Istvan (1928-1990) puis enseigne comme assistant la composition dans cette même institution. En 1991, il est confirmé comme pédagogue et en 2006, le président de la République tchèque lui confère le titre de professeur.
