Kreutzer est issu d'une brave famille souabe qui l'incita à suivre une éducation monastique (à partir de 1789 au couvent bénédictin de Zwiefalten, puis dès 1796, en raison des turbulences de la guerre, dans le paisible couvent prémontré de Schussenried) avant de l'envoyer – contre sa volonté – étudier le droit à l'Université de Freiburg. A la mort de son père en 1800, Kreutzer put enfin donner libre cour à sa passion musicale.
Durant sa scolarité, il avait, en plus du piano et de l'orgue, également appris à jouer de la clarinette et du hautbois, puis plus tard du violon. Dès son arrivée à Freiburg il monta son petit opéra "Die lächerliche Werbung" avec ses camarades d'étude. Entre 1801 et 1804, on le trouve à divers endroits en Suisse et à Constance. En 1804 il s'établit à Vienne où il fut probablement l'élève d'Albrechtsberger tout en gagnant sa vie en donnant des leçons.
De 1810 à 1812, il voyagea dans l'Europe entière comme accompagnateur d'un certain Franz Leppich qui présentait partout son "Panmelodicon", un instrument à moitié mécanique qu'il avait inventé. Stuttgart fut la dernière étape de cette tournée et Kreutzer remplaça Danzi comme maître de chapelle de la Cour, poste qu'il occupa jusqu'en 1816. Entre 1818 et 1822 il occupa la même fonction à Donaueschingen, mais se sentant géographiquement isolé, il chercha durant tout ce temps un poste acceptable dans un plus grand centre. Après le succès de son opéra "Libussa" en décembre 1822 au Kärntnertor-Theater de Vienne, il y obtint un poste de chef d'orchestre. Il garda ce poste jusqu'en 1827.
En 1829, après un séjour à Paris, il reprit cette même fonction jusqu'en 1832 avant de passer au Theater in der Josefstadt, où il resta jusqu'en 1840. Les "Variationen in G für die cromatische Trompete" ont très certainement été écrites durant cette période, entre 1828 et 1832. En 1840, Kreutzer quitte Vienne pour accompagner sa fille aînée Cäcilie (chanteuse), à l'occasion d'une tournée de concerts. De 1840 à 1841, il occupe son dernier poste fixe comme directeur de musique à Cologne.
Après diverses tournées où il chercha cn vain dcs postes de travail en Belgique et à Paris, il suivit sa fille cadette Marie, également chanteuse, lors de ses engagements à Francfort sur l'Oder, Graz et Detmold. En 1848 il la suivit à Riga où il mourut d'une attaque cérébrale quelques jours après avoir appris qu'elle avait été congédiée à la suite d'une défaillance survenue durant un concert.
